Na década de 1990, o país passou por um grande processo de privatização, considerado o maior do mundo. Diversas empresas públicas foram incluídas no Programa Nacional de Desestatização e, posteriormente, transferidas para a iniciativa privada através dos leilões de privatização. O objetivo principal deste programa, segundo os discursos à época, era reduzir a participação do Estado em diversos serviços considerados não prioritárias e aumentar a presença de empresas privadas, consideradas mais eficientes.
Apesar disso, após duas décadas das primeiras concessões ferroviárias, verifica-se que a participação de instituições públicas ainda é significativa no setor ferroviário. O BNDES tem participado decisivamente na definição e na efetivação de várias políticas públicas, levando em consideração a necessidade do aumento da eficiência dos sistemas de transportes através da superação dos gargalos logísticos.
A atuação do banco no setor ferroviário pós-privatização pode ser organizada em três fases distintas, segundo Villar & Marchetti. Na primeira fase, entre 1996 e 2000, o BNDES procurou promover a recuperação da via permanente e do material rodante das concessionárias e financiou operações com a Ferrovia Centro-Atlântica (FCA), Companhia Ferroviária do Nordeste (CFN), América Latina Logística (ALL), Ferroban e Ferronorte.
Numa segunda fase, entre 2000 e 2007, o BNDES atuou para viabilizar o transporte ferroviário de commodities agrícolas e minerais, cujas exportações passaram a ser prioritárias para o país. Os principais investimentos estiveram voltados para o aumento da capacidade das vias permanentes, construção de terminais intermodais, terminais portuários (Teaçu, Terminal XXXIX, Coopersucar, Santos-Brasil e Cereal-Sul, no Porto de Santos) e aquisição de material rodante para concessionárias, empresas de leasing (MRC) e embarcadores (ADM, Cargill, Caramuru, Fiagril).
Os investimentos realizados buscaram, também, melhorar o acesso das ferrovias aos portos através da redução das interferências das linhas nos centros urbanos. As obras visaram eliminar passagens em nível, construir contornos ferroviários e equipamentos públicos (viadutos, mergulhões e passarelas) e vedar faixas de domínio (construção de barreiras físicas para isolar a via férrea das áreas urbanas). A terceira fase, verificada mais recentemente, estava relacionada à expansão da malha ferroviária através da construção da Ferrovia Norte-Sul (FNS) e Transnordestina.
Nos últimos 28 anos, o BNDES tem participado ativamente do setor ferroviário através do BNDES Participações S.A. (BNDESPar), que possui ações de diversas empresas relacionadas direta ou indiretamente com as operações ferroviárias (Vale, CSN e MRS, principalmente).
A participação do BNDES no setor ferroviário é contraditória, conflituosa e preocupante, já que o banco ajudou a definir o modelo de privatização, financiou as empresas para participar das privatizações e continua financiando as concessionárias das ferrovias com recursos ou com participações acionárias. Ao contrário do que se esperava com as privatizações, as concessões ferroviárias atuais são altamente dependentes da participação de instituições públicas.