O sistema ferroviário que conhecemos atualmente começou a ser definido a partir do modelo de privatização escolhido e efetivado na década de 1990. Até os dias atuais, muitas decisões relacionadas ao setor dependem da maneira como ocorreu a transferência das operações das ferrovias para as empresas privadas.
Essa privatização acompanhou um movimento verificado na segunda metade do século XX em vários países. Apesar disso, cada país escolheu um modelo para fazer as concessões, com diferenças significativas com relação às responsabilidades de todos os envolvidos na operação, manutenção e fiscalização das ferrovias.
A privatização não representa apenas uma transferência de um serviço público para a iniciativa privada. Neste processo de mudança há uma ruptura nas estruturas, normas e no conjunto de interesses envolvidos, pois a atuação mais abrangente do Estado é substituída por outra que privilegia a eficiência, a competitividade e o uso seletivo dos recursos. O aparato normativo e regulatório, portanto, precisa ser realizado de forma muito precisa, para equilibrar todos os interesses, sejam eles públicos ou privados.
O processo de privatização no Brasil foi realizado após a criação de uma série de leis, programas e instituições públicas, tais como: Programa Nacional de Desburocratização (1979), Programa de Melhoria do Atendimento ao Público (1981), Programa Federal de Desestatização (1988), Conselho Federal de Desestatização (1988), Certificados de Privatização (1990), Programa Nacional de Desestatização (1990), Fundo Nacional de Desestatização (1990), inclusão da Rede Ferroviária Federal S.A. (RFFSA) no Programa Nacional de Desestatização (1992), Lei das Concessões de Serviços Públicos (1995), Conselho Nacional de Integração de Políticas de Transporte (2001), Agência Nacional de Transportes Terrestres (2001) e Departamento Nacional de Infraestrutura de Transportes (2001).
Apesar de todas estas providências, as privatizações realizadas no final do século XX, consideradas as maiores do mundo, tiveram grande influência das políticas neoliberais da época, obedecendo diversas práticas estabelecidas pelo Consenso de Washington. Através das concessões públicas, a iniciativa privada passou a valorizar a eficiência e a competitividade, desconsiderando a visão de conjunto.
Os leilões de privatização das ferrovias foram realizados entre 1996 e 1998, compreendendo a Rede Ferroviária Federal (RFFSA), Ferrovia Paulista (Fepasa), Estrada de Ferrovia Vitória-Minas e Estrada de Ferro Carajás.
RESULTADO DOS LEILÕES DA RFFSA
| Malha da RFFSA | Concessionárias |
| Nordeste | CFN – Cia Ferroviária do Nordeste |
| Centro-Leste | FCA – Ferrovia Centro Atlântica S.A. |
| Sudeste | MRS Logística S.A. |
| Oeste | Ferrovia Novoeste S.A. |
| Sul | Ferrovia Sul-Atlântica S.A. |
| Tereza Cristina Ferrovia Tereza Cristina S.A. | Ferrovia Tereza Cristina S.A. |
Após 25 anos do final das privatizações das ferrovias, verifica-se que o modelo escolhido e a forma como tudo foi realizado não contribuíram, como se esperava, para a criação de um verdadeiro sistema ferroviário nacional. As malhas existentes, controladas por apenas três grupos, operam na forma de monopólio e não trabalham de forma integrada. Grande parte desta realidade é resultado dos contratos de concessão adotados.