O processo de privatização das ferrovias iniciado no final do século XX resultou num sistema formado por 14 empresas ferroviárias. A operação destas ferrovias e os resultados esperados em termos de qualidade dos serviços prestados estão muito relacionados à estrutura dos contratos de concessão. Estas empresas podem ser agrupadas em quatro grupos principais de acordo com as características dos contratos.
No primeiro grupo, estão as empresas resultantes da privatização da RFFSA, com contratos firmados entre 1996 e 1998. São elas: Ferrovia Novoeste S.A. (atualmente Rumo Malha Oeste S.A.), Ferrovia Centro-Atlântica S.A., MRS Logística S.A., Ferrovia Tereza Cristina S.A., ALL-América Latina Logística do Brasil S.A. (atualmente Rumo Malha Sul), Companhia Ferroviária do Nordeste (atualmente Ferrovia Transnordestina Logística S.A.) e Ferrovias Bandeirantes S.A. (atualmente Rumo Malha Paulista S.A.). O contrato compreende a exploração e desenvolvimento do serviço público de transporte ferroviário de carga, por um período de 30 anos, com metas específicas para cada empresa concessionária referentes ao aumento da produção (TKU) e redução dos índices de acidentes.
No segundo grupo, formado pelas empresas EFC – Estrada de Ferro Carajás e EFVM – Estrada de Ferro Vitória-Minas, os contratos de concessão também têm vigência de 30 anos, mas incluem o transporte de passageiros. O terceiro grupo compreende as concessionárias que, além de explorar os serviços de transporte ferroviário, têm obrigação de construir a ferrovia. Estão neste grupo as empresas Transnordestina Logística S.A. e Ferronorte S.A., atualmente Rumo Malha Norte S.A., com vigência dos contratos de 30 anos.
O quarto grupo compreende as concessões ferroviárias realizadas recentemente, tais como Ferrovia Norte Sul e Ferrovia de Integração Oeste-Leste (FIOL), ambas concessões da estatal Valec S.A.
Apesar dos contratos de concessão terem como objetivo principal a prestação de serviços de transporte ferroviário, as cláusulas estão voltadas para a manutenção e garantia da operação ferroviária ou o equilíbrio econômico-financeiro dos contratos. As metas mensuráveis privilegiam a qualidade da operação e não a qualidade dos serviços de transportes. Os contratos tratam muito mais das relações entre o poder concedente (União) e as concessionárias, com poucas garantias ou obrigações sobre a qualidade dos serviços e o atendimento dos clientes ou usuários dependentes das ferrovias.
É importante destacar que os contratos de concessão estabelecidos contemplam metas globais de aumento da produção da malha concedida, ou seja, as obrigações quanto à quantidade de carga transportada estão relacionadas à totalidade da malha. As concessionárias passaram a atender essas metas globais, porém utilizando seletivamente a malha ferroviária, favorecendo os trechos mais produtivos e rentáveis.
Atualmente, há 15 contratos de concessão ferroviária vigentes, conforme apresentados abaixo.
| Ferrovia | Início do contrato | Prazo (anos) |
| Estrada de Ferro Paraná Oeste S.A. | 03/10/1988 | 90 |
| Ferrovia Centro-Atlântica S.A. | 26/08/1996 | 30 |
| Ferrovia Norte Sul Tramo Norte (FNSTN) | 20/12/2007 | 30 |
| Ferrovia Tereza Cristina S.A. | 24/01/1997 | 30 |
| Transnordestina Logistica S.A. | 22/01/2014 | Até 2027 |
| Ferrovia Transnordestina Logística S.A. (FTL) | 30/12/1997 | 30 |
| MRS Logística S.A. | 26/11/1996 | 30 |
| Ferrovia Norte Sul Tramo Central (FNSTC) | 31/07/2019 | 30 |
| Rumo Malha Norte S.A. | 12/05/1989 | 90 |
| Rumo Malha Oeste S.A. | 01/07/1996 | 30 |
| Rumo Malha Paulista S.A. | 01/01/1999 | 30* |
| Rumo Malha Sul S.A. | 01/03/1997 | 30 |
| Estrada de Ferro Carajás (EFC) | 01/07/1997 | 30* |
| Estrada de Ferro Vitória a Minas (EFVM) | 01/07/1997 | 30* |
| Ferrovia de Integração Oeste-Leste FIOL – Trecho 1 | 03/09/2021 | 35 |
A diversidade de contratos também não contribuí para a formação de um sistema ferroviário nacional, integrado e voltado para o atendimento das necessidades dos diversos interessados. Enquanto no passado a integração das malhas era dificultada pela diversidade de bitolas, no sistema atual o desafio é integrar os serviços devido à diversidade de contratos.