O sistema ferroviário brasileiro está organizado em duas malhas principais, uma antiga e outra nova. Elas possuem histórias e características distintas, que praticamente inviabilizam a formação de um conjunto e o funcionamento das ferrovias como um sistema.
São duas realidades muito diferentes, considerando aspectos construtivos, regiões atendidas e pontos de conexão com terminais, portos e outras ferrovias. As duas malhas não estão integradas, já que as bitolas são diferentes. Considerando a quantidade de linhas construídas e disponíveis para uso, a malha antiga possui aproximadamente 24 mil km de extensão e a nova 5 mil.
A maior diferença entre as duas malhas é que a antiga possui mais história, com infraestruturas projetadas, construídas e remodeladas ao longo dos últimos 150 anos. A antiga é constituída por uma sobreposição de estruturas definidas em épocas diferentes para atender necessidades do passado. Há uma série de remanescências que foram úteis no passado, mas que permanecem e passam a funcionar como obstáculo para o funcionamento da ferrovia nos dias atuais.
A malha nova, por sua vez, foi construída nas últimas décadas seguindo parâmetros e técnicas construtivas mais modernas e atendendo necessidades de transporte do momento atual.
A antiga é predominantemente de bitola métrica e possui traçado mais sinuoso, raios de curvatura e rampas menos adequadas e grande quantidade de interferências, tais como passagens em nível, estações ferroviárias desativadas e áreas urbanas. Foi construída originalmente para transportar produtos como café, carga geral e passageiros.
De bitola de 1,6 metro, a malha nova possui traçado menos sinuoso e raios de curvatura e rampas mais favoráveis e menor quantidade de interferências. Sua construção é recente e voltada para atender o transporte de cargas importantes no momento atual, tais como minério e soja.
Mesmo com as reformas e intervenções realizadas para a melhoria da infraestrutura da malha antiga, seu traçado e diversos outros fatores estão relacionados ao passado. O uso não acontece efetivamente, pois a organização da malha não atende plenamente as necessidades de transportes verificados atualmente.
O futuro das duas malhas pode ser definido pela história de sua organização. Grande parte das linhas ferroviárias da malha antiga está ociosa ou desativada. Os melhores trechos são aqueles que fazem parte dos corredores de transporte e exportação. No momento atual, os investimentos no setor ferroviário estão privilegiando a ampliação da malha nova.