O sistema ferroviário da atualidade pode ser analisado e entendido a partir das condições de sua organização, uso e regulação. Estas condições foram definidas utilizando como referência a organização, uso e regulação do território segundo Antas Junior e Ramos & Castillo. A organização pode ser verificada pela maneira como as ferrovias estão distribuídas no território. O uso está relacionado aos serviços de transporte oferecidos e os fluxos de produtos praticados. A regulação, por sua vez, trata das relações entre os diversos agentes participantes do setor, mediadas pelas leis, normas, regras e discursos vigentes.
Há uma diferença muito grande entre a organização do sistema ferroviário e o uso do sistema ferroviário. A organização mostra as estruturas e recursos disponíveis, que podem ou não ser utilizados pelos usuários, concessionárias e poder concedente. Ela representa um uso potencial, que não necessariamente será efetivado. A organização é alterada, principalmente, quando novas linhas, terminais e pátios ferroviásrios são construídos.
O sistema atual compreende aproximadamente 29 mil km de linhas concessionadas a partir de 1996, além de alguns trechos recentemente construídos, como da Ferrovia Norte-Sul, entre Açailândia (MA) e Anápolis (GO), e o prolongamento da Ferronorte no Mato Grosso, entre Alto Taquari e Rondonópolis.
As ferrovias estão organizadas, basicamente, em duas malhas principais. A malha antiga, construída e remodelada nos últimos 150 anos, possui bitola de um metro. É formada por uma infinidade de infraestruturas construídas em épocas diferentes, que foram se sobrepondo de acordo com condições muito particulares de cada momento. É formada por trechos sinuosos e possui muitas interferências ao longo das linhas. As interferências mais comuns são as passagens em nível, invasão de faixa de domínio, estações ferroviárias abandonadas e trechos em áreas urbanas.
A malha nova foi construída em bitola larga (1,6 metro) e possui traçados mais adequados. Por ser de construção recente, há poucas interferências nas regiões atendidas pelas linhas. A realidade estre estas duas malhas são muito diferentes, influenciando na qualidade da operação e dos serviços prestados.
É difícil tratar as ferrovias brasileiras como um sistema, pois as malhas existentes não necessariamente estão interligadas. A dificuldade de interligação não está relacionada apenas à diferença de bitolas, mas de regras operacionais e comerciais praticadas pelas empresas concessionárias. É importante, portanto, analisar como as ferrovias estão sendo utilizadas.