O segundo período da história das ferrovias brasileiras teve início em 1957, com a estatização de grande parte das empresas ferroviárias e a constituição da estatal RFFSA, e se estendeu até 1996, com o processo de desestatização do sistema ferroviário e da realização das primeiras concessões para o setor privado.
Assim como foi verificado com o desenvolvimento das ferrovias no século XIX, o declínio, decadência e estagnação das ferrovias também foi um fenômeno mundial, resultando, assim como no Brasil, na nacionalização de empresas ferroviárias privadas. O monopólio exercido pelas ferrovias com relação aos transportes terrestres de bens e pessoas em várias partes do mundo chega ao fim.
No Brasil, um dos principais acontecimentos que caracterizam esse segundo momento está relacionado à industrialização e à necessidade de priorizar a integração do território para a criação e o fortalecimento de um mercado interno. A partir de 1930, a sociedade agroexportadora se torna inviável e passa a priorizar os investimentos em indústrias.
Nesse contexto de franca industrialização e formação de um mercado interno unificado, na segunda metade do século XX, as ferrovias foram praticamente abandonadas por falta de cargas, já que o traçado das ferrovias, voltado para os portos exportadores, não atendia aos requisitos de integração do mercado nacional.
O desafio do país nesse segundo período passou a ser, principalmente, a distribuição de produtos manufaturados de São Paulo para o restante do Brasil, possível apenas através de uma ampla malha rodoviária. Como consequência, as cargas e os passageiros foram gradativamente migrando para o modal rodoviário e as indústrias, seguindo essa mesma lógica, começaram a se estabelecer às margens das rodovias.
Os principais objetivos das políticas públicas verificados nesses 40 anos do segundo período foram sanear o sistema ferroviário, racionalizar a operação e desativar trechos inviáveis ou deficitários. Na década de 1950, existiam 40 empresas ferroviárias operando de forma deficitária, de um total de 44 (LOPES e SOBRINHO, 1951). A solução encontrada foi a unificação das linhas com a criação das empresas estatais RFFSA (Rede Ferroviária Federal S.A.) e Fepasa (Ferrovia Paulista S.A.).
O segundo período chega ao fim quando a sociedade passa a priorizar a inserção do país aos mercados internacionais via exportação de commodities agrícolas e minerais, com uma ocupação mais sistemática de porções do Cerrado por uma agricultura moderna. Um novo momento da história das ferrovias se inicia quando as ferrovias são eleitas como a melhor alternativa para atender ao transporte dessas commodities.
LOPES, J. C.; SOBRINHO, B. M. Dois estudos sobre transportes. Rio de Janeiro: Bibliex, 1951.