O terceiro período da história das ferrovias brasileiras teve início em 1996 com a desestatização do sistema e a realização das primeiras concessões ferroviárias à iniciativa privada. Esta desestatização também não foi um acontecimento isolado, mas verificado em vários países do mundo, como no Japão, em 1987, e na Inglaterra, em 1994.
A principal motivação para a privatização das ferrovias está relacionada às prioridades de inserção do país aos mercados internacionais via exportação de commodities agrícolas e minerais. Com relação ao agronegócio, a prioridade está no transporte de soja produzida em várias partes do Cerrado. As ferrovias, construídas em momentos anteriores de forma extravertida, ligando o interior aos portos, foram eleitas como a melhor alternativa para atender esta nova prioridade.
O uso da malha ferroviária neste período foi realizado de forma seletiva, privilegiando trechos mais produtivos e rentáveis. Os investimentos das concessionárias favoreceram o desenvolvimento dos corredores de exportação, formados por linhas ferroviárias perpendiculares ao litoral e de fluxo predominantemente unidirecional. Os sistemas passaram a operar de forma independente e funcional a uma reduzida variedade de produtos.
Do total de 29 mil quilômetros de malha ferroviária concessionada no período, apenas 10 mil passou a ser efetivamente utilizada. Os 19 mil quilômetros restantes foram praticamente abandonados ou subutilizados pelas concessionárias das ferrovias.
Nesse período, a reestruturação realizada melhorou a eficiência operacional das ferrovias, já que o volume transportado aumentou significativamente sem praticamente construir novas linhas.
É um período de grande preocupação com as diversas interferências verificadas entre os trens e áreas urbanas, passagens em nível e invasões de faixa de domínio. Como as interferências comprometem os fluxos das composições, reduzindo a velocidade média dos trens, as cidades passam a ser consideradas pelas concessionárias um obstáculo para a operação das ferrovias.
O processo de concessão do sistema ferroviário brasileiro resultou num aumento da produtividade das ferrovias, mas também contribuiu para o abandono de dois terços da malha, a desativação do transporte de passageiros de longa distância, o abandono ou demolição de grande parte das estações ferroviárias e a consolidação de um monopólio nos serviços de transportes.
O final do terceiro momento da periodização do sistema ferroviário é verificado quando as prioridades dos investimentos em sistemas de transportes no país se voltam para a construção de novas ferrovias, orientadas pelo agronegócio, em praticamente todas as regiões do país.