No período anterior à sua privatização, o sistema ferroviário nacional realizava o transporte de passageiros através de diversas estações ao longo de suas linhas. Em 1995, a RFFSA possuía aproximadamente 1.525 estações ferroviárias distribuídas em 12 superintendências regionais. Somadas às 252 da Fepasa, no estado de São Paulo, as ferrovias utilizavam 1.777 estações para o transporte de passageiros e cargas em geral.
Os serviços de transporte de passageiros de longa distância ou entre cidades, no entanto, foram os principais prejudicados em termos de investimentos, expansão das malhas e melhoria dos serviços após a desestatização do sistema. Praticamente a totalidade das estações ferroviárias foram desativadas, demolidas, abandonadas ou reutilizadas para outros fins diferentes daqueles para os quais foram originalmente concebidos. Este tipo de serviço foi praticamente extinto no país, contrariando o que se verifica em outros países.
As únicas exceções foram as ferrovias controladas pela Vale que, por obrigação contratual, ainda realizam essa modalidade de transporte. A Estrada de Ferro Vitória-Minas (EFVM), criada em 1904, transporta passageiros em viagens diárias entre Belo Horizonte (MG) e Cariacica, na região metropolitana de Vitória (ES). A viagem pelos 664 km de trilhos em bitola métrica leva aproximadamente 13 horas, passando por cidades importantes, tais como Colatina, no Espírito Santo, e Aimorés, Governador Valadares e Ipatinga, em Minas Gerais. A ferrovia atende 28 cidades e transporta, aproximadamente, 800 mil passageiros ao ano.
Inaugurada em 1985 para transportar minério, a Estrada de Ferro Carajás (EFC) também realiza o transporte de passageiros de longa distância, porém o serviço não é diário. A viagem entre São Luís (MA) e Parauapebas (PA) é realizada em 16 horas, aproximadamente, tempo utilizado para percorrer os 892 quilômetros de trilhos em bitola larga (1,6 metro). São 15 pontos de paradas, atendendo importantes cidades, tais como Açailândia, no Maranhão, e Marabá, no Pará. A quantidade de passageiros que utiliza este serviço gira em torno de 300 mil ao ano.
Entre 2014 e 2015, os vagões de passageiros destas duas ferrovias, que eram de fabricação romena da década de 1980, foram substituídos por outros mais modernos. Apesar da renovação recente da frota destas duas ferrovias, a quantidade de passageiros transportada é menor do que em períodos anteriores. Diferentemente do verificado no passado, em que as ferrovias monopolizavam o transporte terrestre, atualmente há concorrência do trem com outras opções mais rápidas e confortáveis, tais como o ônibus e o avião.
A eliminação dos serviços de transporte ferroviário de passageiros trouxe uma série de problemas para diversas cidades brasileiras que tinham uma relação muito grande com os trens e suas estações. Os ativos ferroviários utilizados até a década de 1990, como estações e material rodantes, passaram a ser um grande passivo para a sociedade brasileira. Após as privatizações, os esforços se direcionaram para a construção de um sistema ferroviário monofuncional e para apagar do mapa os serviços relacionados ao transporte de passageiros entre cidades.
Planos para a reativação dos trens entre cidades não faltam. O projeto paulista do Trem Intercidades, anteriormente chamado de Trem Regional, foi lançado no início de 2018. Há, também, uma lista de projetos de Trens de Alta Velocidade (TAV). O mais discutido, entre Rio de Janeiro, São Paulo e Campinas, nunca saiu do papel. Outros, como Brasília-Goiânia, Campinas-Belo Horizonte e São Paulo-Curitiba também procuram espaço e atenção.
O que a história está nos mostrando é que as ferrovias no momento atual não ajudam a promover as mesmas transformações econômicas e sociais de momentos precedentes, como as verificadas no interior de São Paulo no início do século XX. As ferrovias contribuíram na formação e urbanização de cidades, assim como no desbravamento de regiões no interior de São Paulo e Paraná.
A realidade dos municípios adjacentes à linha ferroviária no Maranhão e Pará é muito difícil, já que estes estados possuem altos índices de pobreza e baixos índices de desenvolvimento humano quando comparados aos de outras regiões do país. No Maranhão, por exemplo, grande parte das paradas e estações de passageiros da EFC é apenas uma plataforma de concreto sem qualquer relação direta com a cidade, comércio ou outra atividade econômica.
A relação atual entre estações ferroviárias e cidades mudou de conteúdo e sentido, dificultando fazer qualquer relação entre investimento em ferrovias e desenvolvimento econômica e social. Por enquanto, no modelo de concessão ferroviário adotado no país, as cargas são mais importantes do que as pessoas.